中山大学中山眼科中心（中山大学附属眼科医院）的历史渊源最早可追溯到1835年由美国传教士医师伯驾（Peter Parker）创办的眼科医局——中国最早的西医院。
1953年，中山大学医学院和岭南大学医学院合并成立华南医学院，两个医学院的眼科合并为华南医学院眼科教研组；1954年，光华医学院眼科也并入华南医学院眼科教研组；1956年，随着华南医学院更名为广州医学院，眼科教研组更名为广州医学院眼科教研组；1957年，又更名为中山医学院眼科教研组。
在此基础上，1965年10月，陈耀真教授、毛文书教授等创办成立了中山医学院眼科医院，这是第一间中国高等院校附属眼科医院。1983年6月，中山医学院中山眼科中心成立，下设眼科医院、眼科研究所、防盲治盲办公室，这是我国第一间集医疗、教学、科研、防盲治盲于一体的现代化多功能眼科中心。
1985年，更名为中山医科大学中山眼科中心；1997年，中山医科大学眼科视光学系挂牌成立，中山眼科中心进一步发展成为所、院、办、系四位一体的眼科中心；2001年10月，随着中山大学与中山医科大学的强强合并，更名为中山大学中山眼科中心。
中山大学中山眼科中心临床研究中心是一个为所有涉及人体的研究提供专门管理和服务的临床研究平台，药物临床试验机构为其一个重要组成部分。自1999年获得“国家药品临床研究基地证书”开始，药物临床试验机构已经成为中国眼科药物临床试验的重要基地，并于2013年3月正式按业务科室建制管理、独立运行，成立为中山大学中山眼科中心临床研究中心/药物临床试验机构。
